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Das Rote Haus wird bereits im 14. Jahrhundert erwähnt. 1421 baute der Orden der Pauliner den Hof zum Kloster aus. Kurz vor der Reformation hob man das Kloster wieder auf. 1817 entstand im Landsitz die erste Brauerei der Landschaft Basel. 1836 wurde unter dem Landstück ein grosses Salzlager entdeckt. Die Klosteranlage wurde 1840 abgebrochen; nur ein Stück der Westmauer (mit Zinnen) ist erhalten geblieben.
1906 kaufte die Christoph Merian-Stiftung das Gut. Danach war die Familie Gerber Pächter des Hofes = Rothus-Gerber genannt. Ab 1920 verkaufte die Merian-Stiftung jeweils Parzellen an die Firmen Geigy AG, Sandoz AG und Säurefabrik Schweizerhall. Von den ursprünglich 55 ha blieben dem Pachtbetrieb schliesslich gerade noch 8 ha, so dass der Hof 1971 aufgegeben werden musste.