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In den 1930er-Jahren herrschte infolge der Weltwirtschaftskrise eine grosse Arbeitslosigkeit. Die Verwirklichung eines grossen Projekts, wie der Bau eines Hafens, stellte eine Möglichkeit dar, Hunderte von Arbeitslosen zu beschäftigen. Die baselstädtischen Rheinhafenanlagen erwiesen sich durch den damaligen grossen Aufschwung bald als zu eng, und so rückte der Bau der basellandschaftlichen Hafenanlagen in den Vordergrund. 1932 wurde ein Projektauftrag erteilt.

1937 wurde dann mit den Bauarbeiten begonnen. Es waren umfangreiche Erdbewegungen und Böschungsarbeiten nötig. Der Ausbruch des Zweiten Weltkriegs führte zu einer Beeinträchtigung der Arbeiten. Durch die Generalmobilmachung der Schweiz wurden die Arbeitskräfte für die Armee eingezogen und auch die Materialzufuhr hörte fast vollständig auf. Trotz dieser Umstände wurde beschlossen weiterzuarbeiten, damit bei Kriegsende eine betriebsbereite Hafenanlage vorhanden sei.

Anfangs der Fünfziger Jahre nahm der Konsum von flüssigen Treib- und Brennstoffen rasch zu. Neben zahlreichen Tankbauten wurden auch Lagerhäuser, Umschlagshallen, Getreidesilos, Umschlagsbrücken, Krananlagen und Kohlebrech- und Siebwerke gebaut. Neben festen und flüssigen Brenn- und Treibstoffen wurden auch andere Güter wie Getreide, Zucker, Kaffee, Holz, Eisen, chemische Erzeugnisse usw. umgeschlagen und gelagert. Zur Erleichterung des Gütertransports wurde ein Hafenbahnhof gebaut, der mit dem Güterbahnhof Muttenz verbunden war (Hafenbahn).

Mit dem Bau des Kraftwerks Birsfelden und der Austiefung der Fahrrinne zwischen der Johanniterbrücke und dem unteren Vorhafen der Schleuse wurden die Verhältnisse für die Schifffahrt wesentlich verbessert. Der Umschlag entwickelte sich in der Folge sehr.

Als neue Geschäfte wurden in den frühen 1960er-Jahren der Umschlag, die Zwischenlagerung und der Transport von Aluminiumoxyd (auch Tonerde genannt) aufgenommen. Das Aluminiumoxyd wurde in den schweizerischen Aluminiumwerken zum festen Werkstoff verarbeitet. 1983 wurde in den basellandschaftlichen Rheinhäfen erstmals Dünger umgeschlagen.

Im Jahre 2007 wurde von den Kantonen Basel-Landschaft und Basel-Stadt die Zusammenlegung der kantonalen Rheinhäfen zu den Schweizerischen Rheinhäfen SRH beschlossen.